完整的棕榈仁油物理精炼生产工艺主要包含4部分：脱胶，脱酸，脱色，脱臭。
脱酸：通过蒸汽或热水，使油脂水化，然后除去杂质，将要蒸汽导入油脂，游离脂肪酸随蒸汽被蒸馏出来，经冷凝后除去；或者让热水与油脂混合乳化，澄清后以离心机除去磷脂、游离脂肪酸和植物粘液等物质。然后真空干燥，所得产品称为粗油。
碱炼：通过碱炼，可进一步脱去大部分游离脂肪酸、磷脂、色素、铁与铜离子及一些含硫化合物。先加0．02％～0．5％的磷酸在圆柱形铁锅中，60～90℃下处理15—30分钟，再加油量1％～3％的8％～12％浓度的氢氧化钠(烧碱)经10～30分钟的皂化，由于皂化物比重大沉入锅底，放出后称为皂脚；然后在65℃下用水或稀酸洗涤2次，放去水液，再在114℃下加热除去水分，干燥后贮入油柜。
脱臭：为脱除有气味的黄色物质，如游离脂肪酸、醛、酮和葡萄糖芥苷分解的含硫化合物，应在高温(240～270℃)和加压(5．07千帕的jue对压力)的真实罐中进行蒸馏，经冷却后加入0．005％～0．01％的柠檬酸，以防止氧化。